Das was schon bearbeitet wurde, bleibt mit etwas Glück auch da, solange du nicht grad anfängst, riesige Datenmengen zu löschen, zu verschieben oder zu kopieren...
Kommt auch drauf an, welchen Modus du gewählt hattest...
Nur bei Complete wird wirklich alles neu angeordnet, die anderen Modi ersetzen nur die "Löcher" und setzen Dateien zusammen, egal wo die sich befinden.
Du musst also nach dem Neustart nur wieder mit den gleichen Einstellungen weitermachen, dann sollte es etwas schneller gehen, als wenn du neu anfangen würdest.