Ja, nach dem Indizieren können Suchdurchläufe schneller durchgeführt werden. Windows7 macht das immer dann, wenn das System gerade nix anderes zu tun hat. Dadurch wird natürlich die HDD stärker belastet, da dauernde Lesezugriffe und damit Lesekopfbewegungen stattfinden.
Um sicher zu gehen kannst Du ja mal mit einem Tool des Festplattenherstellers die Disk untersuchen und Dich vergewissern, dass alles in Ordnung ist. Ein gewisser "Geräuschpegel" ist, je nach Hersteller und Model, normal und kein Grund zur Sorge.