Das sollte im Normalfall funktionieren.
Schau im BIOS und dort müsste es eine Einstellmöglichkeit geben, wo du zwischen dem PCIe Bus und der OnBoard Grafik hin und her switchen kannst.
Sicher bin ich mir allerdings nicht. Bei meinem 790 GX Board bspw. schaltete das Mainboard automatisch auf die externe Grafikeinheit, wenn eine im PCIe Slot steckte. So musste ich die Karte ausbauen und das BIOS reseten, um die OnBoard Grafik nutzen zu können. Das würde ich dir auch empfehlen, falls es per BIOS nicht funktioniert.