Im Prinzip auch gleichermaßen Wurst.
Solltest Du einen PWM-geregelten Gehäuselüfter darunter haben, mußt Du natürlich aufpassen, daß der an die richtige Stelle gesteckt wird.
Ansonsten:
Für den (nicht so wahnisinnig oft vorkommenden) Fall, Du hast mehr Lüfter als Connectoren dafür auf dem Brett vorhanden sind, helfen Y-Verteiler.
Das Board kann das ab, zwei Lüfter über einen Steckplatz zu versorgen.