Ich denke, es macht nur Sinn die HDD-Parameter zu überwachen. Also Temperatur oder "Füllstand". Für alles andere (wie defekte Sektoren) müsstest du Daten schreiben und lesen - was zumindest Performance kostet. Lösung wären da regelmäßig geplante Checks.
Bei der Umsetzung kommts drauf an, welches OS du verwendest. Unter Linux könnte ich mir da allerhand nützliche Dinge vorstellen (vielleicht ein Cronjob der in Intervallen ein Script startet, welches entsprechende Tools startet und den Output entweder per eMail oder Syslog weg schaufelt). Bei Win könntest du Everest verwenden.
Regelmäßige HDD-Checks gibts bei Linux sowieso, bei Win bestimmt auch eine Option/Möglichkeit, die chkdsk automatisiert startet.