Falsch!
Beim Formatieren wird der MBR nicht angetastet. Das Problemchen der nicht passenden Eintragungen für den Bootloader würde also bestehen bleiben.
Die Partition löschen und hinterher wieder neu erstellen, unter GParted hab ich das gefühlte hunderte Male gemacht, putzt Dir aber alle eventuellen Inhalte aus dem MasterBoot Record.
Nur den MBR zu manipulieren (zu putzen) sieht dies Mini-BS allerdings nicht vor.
Anders als Löschen gehts hier also (auch) nicht.
Die Datenträgerverwaltung ist leider zum Zweck untauglich, weil Windows sich beharrlich weigert die Bootpartition (oder das, was Windows dafür hält) zu vernichten.