Das ganze Problem liegt an der Anzahl der vorhandenen PCI-E Lanes, die überhaupt zur Verfügung stehen und daran wie alle vorhandenen PCI-E Steckplätze elektrisch angebunden sind.
Bei modernen Mainboards sind ja alle oder viele Onboardkomponenten per PCI-E angeschlossen, nicht nur der Steckplatz für die Grafikkarte. Auch Festplattencontroller, Netzwerk u.s.w. erhalten eine gewisse Anzahl an PCI-E Lanes. Oft stehen eben für die 2 Grafiksteckplätze insgesamt 16 Lanes zu Verfügung. Steckt nur eine Karte drin, erhält die alle. Steckt man zwei Karten erhalten beide z.b je 8 Lanes. Da der zweite Grafiksteckplatz oft nur elektrisch mit 4x angebunden ist, kommen eben diese Einschränkungen und oft unklare Angaben von Händlern oder dem Hersteller.
Das ist seit Jahren so und Hersteller lösen das auf unterschiedliche Art und Weise. Teure Mainboards haben oft Zusatzchips drauf, die eben zusätzliche PCI-E Lanes bieten.
Bei den meisten aktuellen Chipsätzen, die als SLI- oder Crossfire zertifiziert sind, ist das aber selten wirklich ein Problem.
Ich glaube mal gelesen zu haben, das beim 2.x PCI-E Standard 8 Lanes völlig reichen, da dort der Durchsatz höher ist, als beim älteren 1.x Standard. Hat man zwei absolute Highend Karten, müsste man sich vieleicht ein anderes Mainboard holen.